มิชินะงะเกิดเมื่อค.ศ. 996 ที่เมืองเฮอังเกียว เมืองเกียวโตในปัจจุบัน เป็นบุตรคนที่ห้าของฟูจิวาระ โนะ คาเนอิเอะ (藤原兼家) เป็นบุตรคนสุดท้องที่เกิดกับนางฟุจิวะระ โนะ โทะกิฮิเมะ (藤原時姫) มีพี่ชายร่วมมารดาสองคนได้แก่ ฟูจิวาระ โนะ มิชิตากะ (藤原道隆) และฟุจิวะระ โนะ มิชิกะเนะ (藤原道兼) มีพี่สาวร่วมมารดาสองคนคือ ฟุจิวะระ โนะ โชชิ (藤原超子) และฟุจิวะระ โนะ เซ็งชิ (藤原詮子)

มิชินะงะเกิดในสมัยของผู้สำเร็จราชการฟูจิวาระ โนะ ซาเนโยริ (藤原実頼) น้องชายของซะเนะโยะริคือ ฟูจิวาระ โนะ โมโรซูเกะ (藤原師輔) ดำรงตำแหน่งเป็น อุไดจิง เป็นปู่ของมิชินะงะ ในเวลาต่อมาเกิดการแย่งชิงอำนาจระหว่างบุตรชายสองคนของโมะโระซุเกะได้แก่ ฟูจิวาระ โนะ คาเนมิชิ และฟูจิวาระ โนะ คาเนอิเอะ คะเนะมิชิได้สืบทอดตำแหน่งผู้สำเร็จราชการใน ค.ศ. 974 แต่คะเนะอิเอะได้ทำการแก้เกมโดยการส่งบุตรสาวคือฟุจิวะระ โนะ โชชิ ไปเป็น เนียวโง หรือพระสนมในพระจักรพรรดิเรเซ ให้กำเนิดพระโอรสคือองค์ชายโอะกิซะดะ และส่งบุตรสาวอีกคนคือฟุจิวะระ โนะ เซ็งชิ ไปเป็น เนียวโง ในจักรพรรดิเอ็งยู ให้กำเนิดพระโอรสคือองค์ชายโมะริฮิระ

ใน ค.ศ. 986 เจ้าชายโมะริฮิระพระชนมายุเพียงหกพระชันษาขึ้นครองราชย์เป็นจักรพรรดิอิชิโจ โดยมีองค์ชายโอะกิซะดะเป็นรัชทายาท คะเนะอิเอะจึงได้รับการแต่งตั้งเป็นเซ็สโซในที่สุด ในปีเดียวกันมิชินะงะได้รับการแต่งตั้งให้เป็นโชนะงง ในปีต่อมา ค.ศ. 987 มิชินะงะได้สมรสกับมินะโมะโตะ โนะ ริงชิ บุตรสาวของมินะโมะโตะ โนะ มะซะโนะบุ แห่งตระกูลอุดะเง็นจิ ซึ่งดำรงตำแหน่งเป็น ซะไดจิง แล้วมิชินะงะจึงย้ายไปอยู่ที่ตำหนักสึชิมิกะโดะอันเป็นที่อยู่ของนางริงชิ และในปีต่อมาค.ศ. 988 มิชินะงะก็ได้แต่งงานอีกครั้งกับนางมินะโมะโนะ โนะ เมชิ บุตรสาวของมินะโมะโตะ โนะ ทะกะอะกิระ (ซึ่งถูกเนรเทศด้วยข้อหากบฏใน ค.ศ. 969 เป็นพระโอรสของพระจักรพรรดิไดโง) เป็นภรรยาคนที่สอง

ก้าวขึ้นสู่อำนาจ

ใน ค.ศ. 990 ผู้สำเร็จราชการคะเนะอิเอะถึงแก่อสัญกรรมลง ฟุจิวะระ โนะ มิชิตะกะ พี่ชายคนโตของมิชินะงะสืบทอดตำแหน่งผู้สำเร็จราชการต่อมา มิชิตะกะได้ส่งบุตรสาวของตนคือ ฟุจิวะระ โนะ เทชิ เข้าอภิเษกสมรสเป็นจักรพรรดินีในจักรพรรดิอิชิโจ มิชิตะกะได้บังคับให้มิชินะงะดำรงตำแหน่งเป็นหัวหน้าข้ารับใช้ของจักรพรรดินีองค์ใหม่ กล่าวถึงพระราชมารดาของจักรพรรดิคือ โคไตโง หรือพระพันปีเซ็งชิ หรือพระนางฮิงะชิ-ซันโจ ไม่โปรดผู้สำเร็จราชการมิชิตะกะและทรงสนับสนุนให้มิชินะงะผู้เป็นพระอนุชาคนสุดท้องให้ขึ้นมามีอำนาจ โดยที่พระพันปีฮิงะชิ-ซันโจเสด็จบุกไปถึงห้องบรรทมของจักรพรรดิในกลางดึก เพื่อร้องขอให้มีการแต่งตั้งมิชินะงะเป็นไนรัง หรือราชเลขานุการ มิชินะงะจึงได้เป็นราชเลขาฯใน ค.ศ. 995

ในปี ค.ศ. 995 เช่นกันผู้สำเร็จราชการมิชิตะกะผู้เป็นพี่ชายได้ถึงแก่อสัญกรรมด้วยโรคระบาด มิชิตะกะมีบุตรชายคือ ฟุจิวะระ โนะ โคะเระชิกะ และมิชิตะกะประสงค์จะให้โคะเระชิกะสืบทอดตำแหน่งผู้สำเร็จราชการ แต่ไนรังมิชินะงะได้ร่วมมือกันพระพันปีฮิงะชิ-ซันโจสร้างข้อกล่าวหาว่าโคะเระชิกะหมายจะปองร้ายอดีตจักรพรรดิคะซัง และประกอบพิธีทางพระพุทธศาสนาอันสงวนไว้เฉพาะสำหรับพระราชวงศ์ โคะโระจิกะจึงถูกตัดสินให้เนรเทศไปยังเกาะคีวชู และมิชินะงะยังลงโทษจักรพรรดินีเทชิโดยการบังคับให้พระนางปลงผมบวชชีแล้วย้ายออกจากวังไปประทับที่ตำหนักนิโจ มิจิกะเนะพี่ชายคนรองของมิชินะงะได้สืบทอดตำแหน่งผู้สำเร็จราชการ แต่อยู่ในตำแหน่งได้เพียงเจ็ดวันมิจิกะเนะก็ถึงแก่อสัญกรรมอย่างปริศนา จากนั้นมาก็ไม่มีการแต่งตั้งผู้สำเร็จราชการอีกเลยเป็นช่วงเวลาหนึ่ง มิชินะงะแม้ว่าจะไม่ได้ดำรงตำแหน่งผู้สำเร็จราชการแต่ก็สามารถขึ้นมามีอำนาจในราชสำนักเฮอังได้

ฝ่ายจักรพรรดิอิชิโจมีความสงสารในองค์จักรพรรดินี จึงเสด็จไปหาที่ตำหนักนิโจอยู่บ่อยครั้ง แม้ว่าจักรพรรดินีเทชิจะบวชเป็นชีแล้วแต่ก็ได้ตั้งครรภ์ใน ค.ศ. 997 ประสูติออกมาเป็นพระธิดา สร้างความตื่นตกใจแก่มิชินะงะอย่างมาก และใน ค.ศ. 999 จักรพรรดินีเทชิได้ประสูติพระโอรส มิชินะงะจึงรีบตัดสินใจส่งบุตรสาวคนโตของตนคือ ฟุจิวะระ โนะ โชชิ เข้าวังอภิเษกเป็นจักรพรรดินีอีกพระองค์หนึ่งในจักรพรรดิอิชิโจ โดยที่จักรพรรดินีโชชิดำรงตำแหน่งเป็นชูงู ในขณะที่จักรพรรดินีเทชิดำรงตำแหน่งเป็นโคโง แต่เดิมทั้งสองตำแหน่งนี้มีความหมายถึงจักรพรรดินีเหมือนกัน แต่มิชินะงะได้แยกสองตำแหน่งนี้ออกจากกัน เป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์ที่องค์จักรพรรดิของญี่ปุ่นมีจักรพรรดินีสององค์ในเวลาเดียวกัน

จักรพรรดินีโคโงเทชิสิ้นพระชนม์ใน ค.ศ. 1001 และพระพันปีฮิงะชิ-ซันโจก็สิ้นพระชนม์ไปอีกใน ค.ศ. 1002 ทำให้ไม่เหลือคู่แข่งที่จะแย่งชิงอำนาจจากมิชินะงะอีกต่อไป มิชินะงะพำนักอยู่ร่วมกันจักรพรรดินีโชชิที่ตำหนักซึชิมิกะโดะ ตำหนักซึชิมิกะโดะกลายเป็นศูนย์กลางความเจริญทางวัฒนธรรมในสมัยนั้น โดยมิชินะงะได้ว่าจ้างนักกวีสตรีที่มีชื่อเสียงเช่น มุระซะกิ ชิคิบุ ผู้แต่งเรื่อง ตำนานเก็นจิ มาเพื่อเป็นพระอาจารย์ของจักรพรรดินีโชชิ จักรพรรดินีประสูติพระโอรสใน ค.ศ. 1008 คือองค์ชายอะสึฮิระ และใน ค.ศ. 1009 ประสูติองค์ชายอะสึนะงะ

ความขัดแย้งกับจักรพรรดิซันโจ

ใน ค.ศ. 1011 จักรพรรดิอิชิโจประชวรหนักจึงทรงสละราชสมบัติ องค์รัชทายาทโอะกิซะดะขึ้นครองราชย์ต่อมาเป็นจักรพรรดิซันโจ โดยที่มีองค์ชายอะสึฮิระเป็นรัชทายาท อดีตจักรพรรดิอิชิโจสวรรคตในปีต่อมาค.ศ. 1012 แม้ว่าจักรพรรดิซันโจจะเป็นพระโอรสของพระสนมโชชิ ซึ่งเป็นพี่สาวของมิชินะงะ แต่มิชินะงะก็ต้องการที่จะให้องค์ชายรัชทายาทอะสึฮิระ พระโอรสของจักรพรรดินีโชชิได้ขึ้นเป็นจักรพรรดิ เพื่อที่ตนจะได้มีอำนาจในฐานะพระอัยกาหรือตา อย่างไรก็ตามมิชินะงะได้ส่งบุตรสาวคนที่สองคือ ฟุจิวะระ โนะ เค็งชิ อภิเษกเป็นจักรพรรดินีชูงูในจักรพรรดิซันโจ จักรพรรดิซันโจมีพระชายาเดิมอยู่แล้วเมื่อครั้งเป็นรัชทายาทคือ เนียวโงฟุจิวะระ โนะ เซ็งชิ ซึ่งเป็นที่โปรดปรานของจักรพรรดิซันโจ จักรพรรดิจึงพิโรธมิชินะงะที่ละเลยไม่ยอมแต่งตั้งพระนางเซ็งชิเป็นจักรพรรดินีแต่กลับให้บุตรสาวของตนเองคือพระนางเค็งชิเป็นพระจักรพรรดินีแทน มิชินะงะเมื่อทราบว่าจักรพรรดิทรงพระพิโรธจึงให้มีการแต่งตั้งพระชายาเซ็งชิเป็นพระจักรพรรดินีโคโงในค.ศ. 1012 แต่ทว่ามิชินะงะได้กลั่นแกล้งโดยการจัดพิธีให้พระจักรพรรดินีเค็งชิเสด็จเข้าวังหลวงในวันเดียวกับที่มีการแต่งตั้งโคโงเซ็งชิ ทำให้ไม่มีขุนนางไปเข้าร่วมพิธีแต่งตั้งพระจักรพรรดินีองค์ใหม่เลย

มิชินะงะเฝ้ารอวันที่จักรพรรดิซันโจจะทรงสละราชสมบัติ ในค.ศ. 1016 จักรพรรดิซันโจประชวรหนักจนพระเนตรมืดบอด จึงทรงสละราชบัลลังก์ให้แก่องค์ชายรัชทายาทอัตสึฮิระขึ้นครองราชย์เป็นจักรพรรดิโกะ-อิจิโจ แต่ทรงมีข้อแม้ว่าจะต้องให้พระโอรสของจักรพรรดิซันโจเองคือ องค์ชายอะสึอะกิระ เป็นรัชทายาท มิชินะงะจึงต้องยอมทำตามพระประสงค์ของจักรพรรดิซันโจ ในปีต่อมาค.ศ. 1017 อดีตจักรพรรดิซันโจสวรรคต มิชินะงะจึงรีบปลดองค์ชายอะสึอะกิระออกจากตำแหน่งรัชทายาท โดยถวายพระเกียรติยศเสมอเหมือนอดีตจักรพรรดิพระนามว่า อดีตจักรพรรดิโค-อิชิโจ แล้วตั้งองค์ชายอะสึนะงะ (จักรพรรดิโกะ-ซุซะกุ) พระอนุชาของจักรพรรดิโกะ-อิชิโจเป็นรัชทายาทแทน

เรืองอำนาจในฐานะพระอัยกา

จักรพรรดิโกะ-อิจิโจขึ้นครองราชย์ด้วยพระชนมายุเพียงแปดพระชันษา หลังจากที่ราชสำนักขาดผู้สำเร็จราชการมายี่สิบปี ในค.ศ. 1016 มิชินะงะก็ได้รับการแต่งตั้งเป็นเซ็สโชในที่สุด มิชินะงะส่งบุตรสาวอีกคนเข้าอภิเษกเป็นพระจักรพรรดินีชูงูในจักรพรรดิโกะ-อิชิโจคือ ฟุจิวะระ โนะ อิชิ หลังจากดำรงตำแหน่งเซ็สโชไดเพียงหนึ่งปี มิชินะงะจึงได้สละตำแหน่งให้แก่ฟุจิวะระ โนะ โยะริมิชิ บุตรชายคนโตในค.ศ. 1017 แล้วย้ายไปดำรงตำแหน่ง ไดโจไดจิง มิชินะงะถึงจุดสูงสุดของการเรืองอำนาจในราชสำนักเฮอัง เป็นบิดาของจักรพรรดินีสามพระองค์ บิดาของผู้สำเร็จราชการ และเป็นพระอัยกาของจักรพรรดิและองค์ชายรัชทายาท สุดท้ายในค.ศ. 1021 มิชินะงะได้ส่งบุตรสาวอีกคนหนึ่งคือ ฟุจิวะระ โนะ คิชิ ไปเป็นพระชายาเนียวโงในองค์ชายรัชทายาทอะสึนะงะ ประสูติพระโอรสซึ่งต่อมาคือจักรพรรดิโกะ-เรเซ

ในค.ศ. 1019 มิชินะงะล้มป่วยลงจึงบรรพชาเป็นพระภิกษุ จำพรรษาอยู่ที่วัดโฮโจ-จิ ในเมืองเฮอัง ได้รับชื่อว่า พระภิกษุเกียวคัง แม้ว่ามิชินะงะจะสละตำแหน่งให้แก่บุตรชายคือโยะริมิชิและเป็นพระภิกษุแล้ว แต่ก็ยังคงมีอำนาจในการปกครองอยู่เหมือนเดิมโดยที่ผู้สำเร็จราชการคือโยะริมิชิเป็นเพียงหุ่นเชิด ได้รับฉายาว่า "มิโดะ คัมปะกุ" แปลว่า ผู้สำเร็จราชการท่านที่อยู่วัด พระภิกษุเกียวคังมรณภาพในค.ศ. 1028 ด้วยอายุ 62 ปี